长安城中粮尽，赤眉收载珍宝，大放火烧宫室、市里，恣行杀掠，长安城中无复人行；乃引兵而西，众号百万，自南山转掠城邑，遂入安宁、北地。邓禹引兵南至长安，军昆明池，谒祠高庙，收十一帝神主，送诣洛阳；因巡行园陵，为置吏士奉守焉。
起高庙于洛阳，四时合祀高祖、太宗、世宗；建社稷于宗庙之右；立郊兆于城南。
真定王杨造谶记曰：“赤九以后，癭杨为主。”杨病癭，欲以惑众；与绵曼贼交通。帝遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征之，杨闭城门不内。帝复遣前将军耿纯持节行幽、冀，所过劳慰王、侯，密敕收杨。纯至真定，止传舍，邀杨相见。纯，真定宗室之出也，故杨不觉得疑，且自恃众强，而纯意温馨，即从官属诣之；杨兄弟并将轻兵在门外。杨入，见纯，纯接以礼敬，因延请其兄弟皆入，乃闭阁，悉诛之，因勒兵而出。真定慑伏，无敢动者。帝怜杨谋未发而诛，复封其子为真定王。
刁子都为其部曲所杀，馀党与诸贼会檀乡，号檀乡贼，寇魏郡、清河。魏郡大吏李熊弟陆谋反城迎檀乡，或以告魏郡太守颍川铫期，期召问熊，熊叩首首服，愿与老母俱就死。期曰：“为吏傥不若为贼乐者，可归与老母往就陆也！”使吏送出城。熊行，求得陆，将诣邺城西门；陆不堪愧感，他杀以谢期。期嗟叹，以礼葬之，而还熊故职。因而郡中服其威望。帝遣吴汉率王梁等九将军击檀乡于邺东漳水上，大破之，十馀万众皆降。又使梁与大将军杜茂将兵安辑魏郡、清河、东郡，悉平诸营保，三郡平静，边路畅通。
帝以关中不决，而邓禹久不进兵，赐书责之曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏民遑遑无所依归，宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”禹犹执前意，别攻上郡诸县，更征兵引谷，归至大抵。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，二人争权相攻，愔遂杀歆，因反击禹，禹遣使以闻。帝问令人：“愔所敬爱为谁？”对曰：“护军黄防。”帝度愔、防不能久和，必将相忤，因报禹曰：“缚冯愔者，必黄防也。”乃遣尚书宗广持节往降之。后月馀，防果执愔，将其众归咎。更始诸将王匡、胡殷、成丹等皆诣广降，广与东归；至安邑，道欲亡，广悉斩之。愔之叛也，引兵西向天水；隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。因而禹承制遣使持节命嚣为西州大将军，得独裁凉州、朔方事。
鲍永、冯衍审知更始已亡，乃发丧，出储大伯等，封上印绶，悉罢兵，幅巾诣河内，帝见永，问曰：“卿众安在？”永离席叩首曰：“臣事更始，不能令全，诚惭以其众幸繁华，故悉罢之。”帝曰：“卿言大。”而意不悦。既而永以建功见用，衍遂烧毁。永谓衍曰：“昔高祖赏季布之罪，诛丁固之功；今遭明主，亦何忧哉！”衍曰：“人有挑其邻居之妻者，其父老骂而少者报之。后其夫死，取其父老。或谓之曰：‘夫非骂尔者邪？’曰：‘在人欲其报我，在我欲其骂人也！’夫天命难知，人道易守，守道之臣，何患灭亡！”