辛亥，告于太庙，令曰：“赖五祖之休，文武之力，宗庙社稷幽而复显。不独孤以眇眇之身免分歧天之责，凡在臣民皆得明目当世。”因大赦，改元建平。盛谦不敢称尊号，以长乐王摄行统制。诸王皆降称公，以东阳公根为尚书左仆射，卫伦、阳璯、鲁恭、王腾为尚书，悦真为侍中，阳哲为中书监，张通为中领军，自馀文武各复古位。改谥宝曰惠闵天子，庙号烈宗。初，太原王奇举兵建安，南、北之民翕然从之。兰汗遣其兄子全讨奇，奇击灭之，匹马不返，进屯乙连。盛既诛汗，命奇罢兵。奇用丁零严生、乌桓王龙之谋，遂不受命，甲寅，勒兵三万馀人进至横沟，去龙城十里。盛反击，大破之，执奇而还，斩其党百馀人，赐奇死，桓王之嗣遂绝。群臣固请上尊号，盛弗许。
初，桓玄在荆州，所为豪纵。仲堪亲党皆劝仲堪杀之，仲堪不听。及在寻阳，资其声地，推玄为盟主，玄愈自矜倨。杨佺期为人骄悍，玄每以寒士裁之。佺期甚恨，密说仲堪以玄终为患，请于坛所袭之。仲堪忌佺期兄弟勇健，恐既杀玄，不成复制，苦禁之。因而各还所镇。玄亦知佺期之谋，阴有取佺期之志，乃屯于夏口，引始安太守济阴卞范之为长史觉得谋主。是时，圣旨独不赦庾楷，玄以楷为武昌太守。
乙未，燕以东阳公根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射，慕容豪为幽州刺史，镇肥如。
玄月，辛卯，加会稽霸道子黄钺，以世子元显为征讨都督，遣卫将军王珣、右将军谢琰将兵讨王恭，谯王尚之将兵讨庾楷。
殷仲堪得圣旨，大怒，趣桓玄、杨佺期进军。玄等喜于朝命，欲受之，踌躇未决。仲堪闻之，遽自芜湖南归，遣使告谕蔡洲军士曰：汝辈不各自散归，吾至江陵，尽诛汝馀口。佺期部将刘系帅二千人先归。玄等大惧，狼狈西还，追仲堪至寻阳，及之。仲堪既渎职，倚玄等为援，玄等亦资仲堪兵，虽内相疑阻，势不得分歧。乃以后辈交质，壬午，盟于寻阳，俱不受朝命，连名上疏申理王恭，求诛刘牢之及谯王尚之，并诉仲堪无罪，独被降黜。朝廷深惮之，表里骚然。乃复罢桓修，以荆州还仲堪，优诏慰谕，以求和解，仲堪等乃受诏。御史中丞江绩劾奏桓修专为身计，疑误朝廷，诏免修官。
时表里疑阻，津逻严急，仲堪以斜绢为书，内箭簳中，合镝漆之，因庾楷以送恭。恭发书，绢文角戾，不复能辨仲堪手书，疑楷诈为之，且谓仲堪客岁已违期不赴，今必不动，乃先期举兵。司马刘牢之谏曰：“将军，国之元舅；会稽王，天子叔父也。会稽王又当国秉政，向为将军戮其所爱王国宝、王绪，又送王弎书，其深伏将军已多矣。顷所援任，虽未允惬，亦非大失。割庾楷四郡以配王愉，于将军何损！晋阳之甲，岂可数兴乎！”恭不从，上表请讨王愉、司马尚之兄弟。